Η Μινώα, η Αρκεσίνη και η Αιγιάλη ήταν οι τρεις πόλεις που ήκμασαν στο νησί κατά την αρχαιότητα.
Από τα ερείπια των οικισμών και τα σημαντικά ευρήματα φαίνεται το υψηλό πολιτιστικό επίπεδο εκείνης της εποχής.

Αρχαία Μινώα: Τα ερείπια της αρχαίας Μινώας βρίσκονται σε απόσταση 3 χλμ. από το λιμάνι των Καταπόλων, στην κορυφή του λόφου Μουντουλιά. Στην περιοχή υπάρχουν τα ερείπια από το Στάδιο και το Γυμνάσιο της αρχαίας πόλης, καθώς και από το ναό του Διόνυσου.

Αρχαία Αρκεσίνη: Στην Κάτω Μεριά, στην νότια πλευρά του νησιού και στη θέση Καστρί βρίσκονται τα ερείπια της Αρχαίας Αρκεσίνης, ο Πύργος της Αγίας Τριάδας, μνημείο της ελληνιστικής περιόδου χτισμένο τον 4ο π.Χ. αιώνα και ο προϊστορικός οικισμός της Μαρκιανής.

Αρχαία Αιγιάλη ή Μελανία: Στην Β.Α πλευρά του νησιού, κοντά στα θολάρια, στο ύψωμα Βίγλα, βρισκόταν η ακρόπολη της αρχαίας Αιγιάλης. Στη θέση αυτή υπάρχουν σήμερα ερείπια από τμήματα του αρχαίου του τείχους, βάσεις αγαλμάτων και τάφοι της πρωτοκυκλαδικής και μεσοκυκλαδικής εποχής.

Πάνω σε βράχο, στη μέση του οικισμού της Χώρας, δεσπόζει το Κάστρο που έχτισε τον 13ο αιώνα ο Ιερεμίας Γκίζι, όπου σήμερα σώζεται το τείχος με τις πολεμίστρες. Στη Χώρα βρίσκεται επίσης ο βενετσιάνικος Πύργος του Γαβρά, του 16ου αιώνα. Επίσης, ο Κάτω Λάκκος είναι η μεσαιωνική στέρνα που ύδρευε τη Χώρα.